Keberhasilan membebaskan kapal MV Sinar Kudus yang dibajak oleh perompak Somalia pada 2011 menjadi salah satu peristiwa yang melambungkan nama Doni Monardo. Saat itu, Doni menjadi wakil komando Satuan Tugas Merah Putih. Satgas Merah Putih dibentuk untuk membebaskan 20 anak buah kabal (ABK) Sinar Kudus melalui operasi senyap.

Doni lantas diangkat menjadi perwira tinggi dengan menyandang pangkat brigadir jenderal tak lama setelah pembebasan tersebut. Susilo Bambang Yudhoyono (SBY), yang saat itu menjabat presiden, mengangkatnya menjadi komandan Pasukan Pengamanan Presiden (Paspampres) setahun berselang. 

Doni besar di korps Komando Pasukan Khusus (Kopassus). Sejumlah daerah konflik selalu dia sambangi saat menyandang pasukan baret merah, yakni Timor Timur, Aceh, dan daerah konflik lain. Penggemar olahraga menembak dan beladiri juga beberapa kali ditugaskan di batalyon Raider, Komando Strategis Angkatan Darat (Kostrad), dan Paspampres. Doni juga pernah mengeyam pendidikan kontraterorisme di Korea Selatan.

Saat ditugaskan di Kostrad, masyarakat Makassar, Sulawesi Selatan, terkesan dengannya karena berhasil menghijaukan kawasan tandus di sekitar Bandara Hasanuddin. Doni pun sempat dipercaya menjabat wakil komandan Kopassus usai menjadi komandan Komando Resor Militer (Korem) 061 Surya Kencana, Bogor. 

Jabatan terakhir di militer adalah menjadi panglima Komando Daerah Militer III/Siliwangi dengan pangkat mayor jenderal. Di luar kemiliteran, ia menjabat sebagai sekretaris jenderal Dewan Ketahanan Nasional dan kini dipercaya menjadi kepala Badan Nasional Penanggulangan Bencana (BNPB).